秦孝公时，商鞅携魏李悝之《法经》入秦，进行变法改革，“改法为律”，建立了一套刑事法律制度，使秦一跃而成战国七雄之首。秦朝的刑罚体系分为肉刑、劳役刑、财产刑（赀刑、赎刑两种）和死刑，以及与之相应的监狱制度。

　　秦朝刑罚种类及发展演变。肉刑主要有黥、劓、刖（斩左右趾）。如秦孝公时，太子犯法，“将法太子。太子，君嗣也，不可施刑。刑其傅公子虔，黥其师公孙贾”“公子虔复犯约，劓之”。秦朝后期由于战争及工程建设需要大量健康劳动力，毁人肢体的肉刑逐渐被劳役刑或赎刑所取代。

　　肉刑与劳役刑合并使用，或称为徒刑。秦朝劳役刑是不定期刑，名目繁多，一般通过“赦”而免除劳役处罚。所有劳役刑男女分行，如城旦舂，男为城旦，从事治城，女为舂，即舂米；男为鬼薪、罚作、隶臣，女为白粲、复作、隶妾之类。此外，断肢残体的斩左右趾也被劳役刑取代，这些都可看作古代徒刑制度的逐渐文明化。

　　财产刑分为赀刑与赎刑。赀刑又称罚赀，指犯罪后被判处缴纳一定数量的罚金或劳役，其本身就是一种刑罚。赎刑指依照法律规定，犯罪人可缴纳一定数量的金钱，或服一定期限的劳役而减免其死罪或肉刑。从睡虎地秦墓竹简的记载看，秦朝已初步形成一套较完整的赎刑制度，从死刑到肉刑、劳役刑皆可用赎。既可用金钱赎，无钱者也可以相应的劳役抵赎。

　　秦律中法定的死刑执行方式主要有腰斩和弃市两种。见于史书史料的死刑执行方式还有枭首、戮、磔、定杀、阬、射杀、囊扑、具五刑、族诛等。枭首、戮、磔都是对斩首刑后死者尸体的加刑，不能说是独立的死刑刑种。其中，“具五刑”是指将多种肉刑与死刑并用的酷刑。

　　与劳役刑相关的是监狱制度。秦朝奉行“贱仁义之士，贵治狱之吏”的重刑路线，广设监狱，称作“囹圄”，主要关押未决犯。“罪已定为徒，未定为囚。”一般来说，已决者非死刑则多为刑徒，须押送到服役地从事繁重的劳役。都城咸阳狱是中央监狱，各郡县也设有地方监狱。

　　秦朝刑罚的演进适用。在刑罚的适用方面，秦律接受并继承了先秦儒家学说中的一些原则，如礼法统一的思想；采纳齐人邹衍的阴阳五行学说，“推终始五德之传”，因而“事皆决于法”。还形成许多进步的刑罚理念，如承袭《礼记》《周礼》的传统，对未成年人“虽有罪不加刑”；依照《尚书》对自首者，只要其彻底交代罪行，“时乃不可杀”；继承《尚书》“眚灾肆赦，怙终贼刑”的原则，对因不可抗力及过失犯罪的人赦免其刑罚，区别惯犯与偶犯的量刑标准。

　　承袭《周礼》对幼小者犯罪免责的规定。睡虎地秦墓竹简中可见“六尺”“不盈六尺”的概念，肯定身高六尺是刑事责任年龄的界限。据汉人解释，七尺为20岁，六尺为15岁。如有案例，“甲盗牛，盗牛时高六尺，系一岁，复丈，高六尺七寸（约合今1.54米），问甲何论？当完城旦”。可见秦法之严苛，犯罪时不够尺寸，关押了一年，待其长够了再判，但也减了刑。依秦律，盗牛是重罪，当判“黥为城旦”，但也减刑一等。还有一例，“甲小未盈六尺，有马一匹自牧之，今马为人败，食人稼一石，问当论不当？不当论及偿稼”，说明未盈六尺（不足15岁）者轻微犯罪（非盗及伤人）不负刑事责任，也不承担民事赔偿责任。这个规定与秦朝法定义务相关：七尺以上纳税，承担兵役、劳役，六尺至七尺纳半税，承担轻役，六尺以下则完全不承担税负，也基本不承担刑事与民事责任。“隶臣、城旦高不盈六尺五寸，隶妾、舂高不盈六尺二寸，皆为小；高五尺二寸，皆作之。”按秦尺一尺合今0.23米，也就是说，男性罪犯身高在1.2米至1.5米之间者，女性罪犯身高在1.2米至1.4米之间者，所犯在隶臣妾、城旦舂者，当以小隶臣妾与小城旦舂的身份服刑；不足1.2米者（约7岁以下）则不服刑。若教唆幼小者犯罪，则加重处罚。“甲谋遣乙盗杀人，受分十钱，问乙高未盈六尺，甲可（何）论？当磔。”这也被视为对幼小者的保护。

　　自首，秦律称“自告”或“自出”，指犯罪人在其所犯未被告发前主动向官府投案交代罪行。自首者可减刑或免刑。有一案，有隶臣妾拘禁时服城旦舂劳役，逃亡并已出走，未及论决，自行出首，仅加笞五十，不延长劳役期。睡虎地秦墓竹简之《法律答问》有持官物逃亡者，问被捕或自首是否当以盗窃论罪，回答：“自出，以亡论；其得，坐赃为盗。盗罪轻于亡，以亡论。”即若自首仅以逃亡论罪，若被捕获则依据所盗窃的财物价值论罪，若赃数少，论罪低于逃亡，则以逃亡论。此案也可看出秦律对同时犯两种罪者，采取“从一重处”的原则。这应当是《唐律疏议》“二罪以上俱发，以重者论”规定的滥觞。

　　区分故意与过失，即将犯罪者的主观动机作为定罪量刑的重要依据。《尚书·舜典》载：“眚灾肆赦，怙终贼刑。”眚，非故意，过失；灾，自然灾害，不可抗力之类。即因过失及不可抗力造成危害后果，不属于犯罪，不承担刑事责任，不予处罚；故意犯罪及累犯，应追究刑事责任。秦朝对故意与过失犯罪的区分开始系统化、规范化。睡虎地秦墓竹简有关于官吏论狱处刑不当，过失称为“失刑”，处治从轻；故意称为“不直”，《法律答问》载：“罪当重而端轻之，当轻而端重之，是谓‘不直’。当论而端弗论，及易其狱，端令不致，论出之，是谓‘纵囚’。”“端”即为故意之意。又如告发他人犯罪，告诉不实，如是“端”不实，则构成诬告罪；依律诬告当反坐。如是“不端”，则为“告不审”，为误告。这些刑罚原则，体现了西周以来“明德慎罚”思想对秦朝法律的影响，并被后世所承袭。

　　所谓“诬告”，指故意捏造事实告发他人，目的是陷人于罪。秦自商鞅变法，鼓励告奸，告奸者与斩敌首同赏，使得社会上告密成风，诬告盛行。为禁止诬告造成的社会危害，秦律严格执行“诬告反坐”原则，凡诬告人者，即以其所诬告的罪名反坐。秦律明确规定：“伍人相告，且以辟罪，不审，以所辟罪罪之。”同伍之人相互控告，加以罪名，若不确实，即以其不实的罪名论处控告者。秦所确立的诬告反坐原则，对节约司法资源，稳定社会秩序起到一定作用，后世无论是唐宋律还是明清律都继承了这一法律传统。

　　陈寅恪先生在审查冯友兰《中国哲学史》的报告中说：“秦之法制实儒家一派学说所附系。《中庸》之‘车同轨，书同文，行同伦’……为儒家理想之制度，而于秦始皇之身，而得以实现之也。汉承秦业，其官制法律亦袭用前朝。遗传至晋以后，法律与礼经并称，儒家周官之学说悉采入法典。”这与传统的说法认为秦奉行的是单纯法家路线的观点截然不同，可以说，儒家思想的一些理念已经浸入秦朝的法制中。所谓“儒法合流”，应该说早在秦朝就已经开始了。